Den Backofen auf 220 °C Ober- und Unterhitze vorheizen.
Zwiebeln schälen und in feine Halbringe schneiden. Knoblauch fein hacken.
Butter in einem großen Topf schmelzen, Zwiebeln hinzufügen und bei mittlerer Hitze langsam goldbraun karamellisieren lassen. Das dauert etwa 20–30 Minuten. Knoblauch in den letzten Minuten unterrühren.
Mehl über die Zwiebeln streuen, kurz anschwitzen und mit Apfelessig ablöschen.
Den Fond angießen, Thymian und Lorbeerblatt hinzufügen, aufkochen und etwa 15 Minuten sanft köcheln lassen. Lorbeerblatt entfernen und mit Salz und Pfeffer abschmecken.
Währenddessen die Baguettescheiben kurz toasten und den Käse fein reiben.
Die Suppe in ofenfeste Tassen füllen, je 1–2 Brotscheiben darauflegen, mit Käse bestreuen und im oberen Ofendrittel überbacken, bis der Käse goldbraun geschmolzen ist.