Aubergine und Zucchini in etwa 4–5 mm dicke Scheiben schneiden. Auf Küchenpapier legen, leicht salzen und mit weiterem Küchenpapier bedecken. Sanft andrücken und 5–10 Minuten ziehen lassen, damit überschüssige Flüssigkeit entzogen wird.
Zwiebel und Knoblauch schälen. Zwiebel fein würfeln, Knoblauch hacken oder pressen.
Eine große Pfanne ohne Öl erhitzen und die Gemüsescheiben portionsweise von beiden Seiten anbraten, bis sie weich sind und leichte Röstaromen entwickeln. Anschließend beiseitestellen.
Nun Olivenöl in der Pfanne erhitzen, Zwiebel glasig dünsten, Knoblauch kurz mitbraten. Mit den stückigen Tomaten ablöschen und kurz köcheln lassen.
Etwa ein Drittel der Tomatensauce in eine Auflaufform geben. Die Hälfte der Gemüsescheiben darauf verteilen und leicht pfeffern. Mit einem weiteren Drittel Sauce bedecken, restliches Gemüse darauflegen und mit der übrigen Sauce abschließen.
Mozzarella in Stücke zupfen und gleichmäßig über dem Auflauf verteilen.
Im vorgeheizten Backofen bei 180 °C Umluft (200 °C Ober-/Unterhitze) etwa 25–30 Minuten backen, bis das Gemüse weich ist und der Käse goldbraun schmilzt. Für eine knusprige Oberfläche kurz die Grillfunktion einschalten.
Nach Wunsch mit frischem Basilikum garnieren und heiß servieren