Vorbereitung: Backofen auf 200 °C Ober-/Unterhitze (180 °C Umluft) vorheizen. Kirschtomaten und Kräuter waschen, Basilikumblätter und Majoran grob hacken (etwas Basilikum für die Dekoration zurücklegen). Zwiebel und Knoblauch schälen, Zwiebel fein würfeln.
Soße kochen: Öl in einem kleinen Topf erhitzen, Zwiebelwürfel glasig dünsten, Knoblauch dazu pressen. Gewürzmischung, Kirschtomaten und Kräuter zufügen und kurz anbraten. Mit den stückigen Tomaten ablöschen, 3–5 Minuten köcheln lassen und mit Salz, Pfeffer und einer Prise Zucker abschmecken.
Käse vorbereiten: Mozzarella in Scheiben schneiden, Hartkäse frisch reiben.
Auflauf schichten: Gnocchi in eine Auflaufform geben, Tomatensoße und die Hälfte des Hartkäses untermischen. Mit Mozzarellascheiben belegen und restlichen Käse darüberstreuen.
Backen: Auflauf 12–15 Minuten auf mittlerer Schiene goldbraun überbacken.
Servieren: Mit frischen Basilikumblättern bestreuen und genießen.