Den Spinat auftauen lassen, mit etwa 100 ml Wasser fein pürieren.
Mehl in eine große Schüssel geben, eine Mulde formen. Eier und Spinat hineingeben und alles mit einem Holzlöffel zu einem zähflüssigen, glatten Teig schlagen, bis er Blasen wirft. Mit Salz, Pfeffer und Muskat würzen und 10 Minuten ruhen lassen.
Zwiebeln schälen, halbieren und in feine Scheiben schneiden.
1 EL Butter in einer Pfanne schmelzen, Zwiebeln bei mittlerer Hitze goldbraun braten. Zum Schluss Zucker darüberstreuen und kurz karamellisieren lassen. Beiseitestellen.
Backofen auf 180 °C Umluft vorheizen, Käse reiben.
Einen großen Topf mit Salzwasser zum Sieden bringen. Den Teig portionsweise durch eine Spätzlepresse oder vom Brett ins Wasser geben. Sobald die Spätzle oben schwimmen, mit einer Schaumkelle herausnehmen und abtropfen lassen.
Eine Auflaufform mit 1 EL Butter einfetten. Die Hälfte der Spätzle einfüllen, mit der Hälfte des Käses bestreuen. Restliche Spätzle daraufgeben, mit dem restlichen Käse bedecken und die Röstzwiebeln darüber verteilen.
Im Ofen ca. 20 Minuten goldgelb überbacken, bis der Käse schön geschmolzen ist.