Den Backofen auf 180 °C Umluft (200 °C Ober-/Unterhitze) vorheizen. Den Kürbis längs halbieren, Kerne entfernen und die Schnittflächen mit etwas Öl bestreichen. Mit der Schnittseite nach unten auf ein mit Backpapier belegtes Blech legen und 30–40 Minuten backen, bis das Fruchtfleisch weich ist.
Währenddessen Knoblauch schälen und fein hacken. Aubergine und Zucchini würfeln, Paprika in Streifen schneiden.
Restliches Öl in einer Pfanne erhitzen, Knoblauch darin anschwitzen. Das Gemüse zugeben und einige Minuten dünsten. Pesto, Frischkäse und Wasser einrühren, dann mit Basilikum, Oregano, Paprikapulver, Salz und Pfeffer würzen.
Kürbishälften aus dem Ofen nehmen. Mit einer Gabel das Fruchtfleisch auflockern, sodass spaghettiartige Fasern entstehen. Das Gemüse unterheben, mit Gouda bestreuen und nochmals 5 Minuten überbacken, bis der Käse geschmolzen ist.
Vor dem Servieren mit Granatapfel- und Pistazienkernen garnieren.